Ab Kapitel 3 können gefundene Pokémon-Puppen über besondere Fähigkeiten verfügen. Diese sind daran erkennbar, dass ihr Namen in Lila geschrieben ist. Prinzipiell kann jedes Pokémon jede Fähigkeit erhalten, wobei viele Pokémon größere Chancen auf bestimmte Fähigkeiten haben. Die Fähigkeiten gibt es auch in verbesserter Form und enthalten dann hinter dem Fähigkeitsnamen ein oder sogar zwei Pluszeichen. Nach der Hauptgeschichte können auch Pokémon mit Klassenbezeichnung gefunden werden. Diese haben eine blaue Färbung und besitzen bis zu sechs zufällige Fähigkeiten. Die mächtigsten Pokémon (Episch) werden im Spiel freigeschaltet, wenn man nach der Hauptstory Kobalium auf Weltrang 6 oder höher besiegt. Epische Pokémon erhalten neben bis zu sechs Fähigkeiten auch erhöhte Chancen, dass sich Pokémon anschließen. Ein Danke geht an Jan vom BisaCast und Arceus1234567 für hilfreiche Details zu einigen Fähigkeiten!
| Fähigkeit | Beschreibung |
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| Boden-Plus | Boden-Attacken - Einsatz: Schaden+, Abwehr: Schaden- |
| Dauerwirker | Statusveräderungen wirken länger |
| Dickes Fell | Verfügt über hohe KP. |
| Drache-Plus | Drache-Attacken - Einsatz: Schaden+, Abwehr: Schaden- |
| Draufgänger | Verfügt über hohen Angriff. |
| Effekthascher | Fügt Gegnern mehr Schaden zu, wenn Mitstreiter dabei sind. |
| Effektivling | Stärkt eigene und blockt gegnerische sehr effektive Att. |
| Eigenbrötler | Nie zwei Att. zugleich. Wie Meistert., Draufg. und Geölter Blitz. |
| Elektro-Plus | Elektro-Attacken - Einsatz: Schaden+, Abwehr: Schaden- |
| Eis-Plus | Eis-Attacken - Einsatz: Schaden+, Abwehr: Schaden- |
| Fernkampfprofi | Fügt weit entfernten Zielen mehr Schaden zu. |
| Feuer-Plus | Feuer-Attacken - Einsatz: Schaden+, Abwehr: Schaden- |
| Flug-Plus | Flug-Attacken - Einsatz: Schaden+, Abwehr: Schaden- |
| Geist-Plus | Geist-Attacken - Einsatz: Schaden+, Abwehr: Schaden- |
| Gestein-Plus | Gestein-Attacken - Einsatz: Schaden+, Abwehr: Schaden- |
| Geölter Blitz | Kann blitzschnell Attacken ausführen. |
| Giftträger | Kann Gegner vergiften. |
| Gift-Plus | Gift-Attacken - Einsatz: Schaden+, Abwehr: Schaden- |
| Hakenschläger | Fügt Gegnern weniger Schaden zu, wenn es angeschlagen ist. |
| Heldentum | Verfügt über eine hohe Stärke |
| Kampf-Plus | Kampf-Attacken - Einsatz: Schaden+, Abwehr: Schaden- |
| Käfer-Plus | Käfer-Attacken - Einsatz: Schaden+, Abwehr: Schaden- |
| Knallfrosch | Kann mit Explosionsattacken höheren Schaden anrichten. |
| Knebelkünstler | Der Angreifer wird evtl. am Einsatz von Attackengehindert. |
| Kombiklopper | Kann Attacken auf A und B schnell nacheinander einsetzen. |
| Könner | Immun gegen gewisse negative Effekte und eigene Attacken. |
| K.O.-Schläger | Bringt Gegner oft ins Taumeln. |
| Lichtgestalt | Vereint verschiedene Kräfte in sich. Ein Unikat. |
| Meistertechniker | Verstärkt Attacken m it wenig Sternen. |
| Nahkampfprofi | Fügt näher gelegenen Zielen mehr Schaden zu. |
| Naturheilkraft | Regeniert nach und nach die eigenen KP. |
| Normal-Plus | Normal-Attacken - Einsatz: Schaden+, Abwehr: Schaden- |
| Nummer Sicher | Verfügt über hohe Verteidigung. |
| Pflanzen-Plus | Pflanzen-Attacken - Einsatz: Schaden+, Abwehr: Schaden- |
| Planierraupe | Greift nur langsam an, aber lässt sich nicht von Att. aufhalten. |
| PokéTC | In Mehrspielerpartien gewinnen Spieler und Mitstreiter an Stärke. |
| Rausschmeißer | Schleudert Gegner weiter weg. |
| Rostschicht | Tauche dieses rostige Pokémon in einen Brunnen! |
| Sammler | Zieht weit entferntes Poké-Geld magisch an. |
| Sauseschritt | Kann sich blitzschnell fortbewegen. |
| Saus und Braus | Erhält jede Menge Poké-Geld von Gegnern. |
| Schlagmann | Holt lange zum Angriff aus, verfügt aber über eine hohe Reichweite. |
| Serienmeister | Langes Drücken des Knopfes löst Dauerfeuer aus. |
| Spaßkanone | Bei Kämpfen mit Mitstreitern gewinnen diese an Stärke. |
| Stachler | Wird es getroffen, nehmen die Gegner ebenfalls Schaden. |
| Stahl-Plus | Stahl-Attacken - Einsatz: Schaden+, Abwehr: Schaden- |
| Status Quo | Neutralisiert Statusveränderungen und Statusprobleme |
| Sturkopf | Verfügt über niedrige Verteidigung, aber hohen Angriff. |
| Sturmfest | Bleibt selbst nach K.O.-Angriffen evtl. mit 1 KP im Kampf. |
| Superstar | Ein schnittiger Sympathieträger. |
| Typenblocker | Erleidet keinen Schaden durch sehr effektive Attacken. |
| Umlenkmanöver | Lenkt negative Statusveränderungen auf den Gegner um. |
| Unlicht-Plus | Unlicht-Attacken - Einsatz: Schaden+, Abwehr: Schaden- |
| Verhexer | Senkt die Initiative des Gegners, wenn es getroffen wird. |
| Wandschrank | Ist resistent gegen Schleuderangriffe. |
| Wasser-Plus | Wasser-Attacken - Einsatz: Schaden+, Abwehr: Schaden- |
| Widerborst | Richtet bei negativen Statusveränderungen mehr Schaden an. |
| Wüterich | Kann mit Rempelattacken höheren Schaden anrichten. |
| Zähes Leder | Erholt sich schnell von Statusproblemen. |