Zu Beginn von Mewtwo Returns erinnert sich Mewtu daran, was er im ersten Pokemon Kinofilm erlebt hatte; An seine Erschaffung durch Giovanni und Team Rocket, seine Erziehung sowie seinen Ausbruch aus Giovannis Labor. Natürlich erinnert er sich auch daran, dass er mit seinen geklonten Pokemon die Weltherrschaft an sich reißen wollte und dass das beherzte Eingreifen eines jungen Trainers namens Ash ihm die Augen und sein Herz öffneten.

Mewtu flog daraufhin mit allen geklonten Pokemon auf eine abgelegene Insel im Purity Canyon, der von Menschen nie aufgesucht wird. Hier will er mit seinen Klonen leben. Ein Leben in der "normalen" Welt ist, so meint Mewtu, nicht möglich, da er und seine Klone anders sind - sie sind Klone. An den meisten Pokemon hat Mewtu auch die erkennbaren Symbole der Klonung entfernt.

Doch der Frieden bleibt nicht für immer, denn Giovanni, Chef des Team Rocket hat seine beste Agentin, Domino 009 damit beauftragt Mewtu zu suchen. Wie es der Zufall will, hat sie den geheimen Aufenthaltsort von Mewtu nun gefunden und Giovanni befiehlt Mewtus Fluchtort auszukundschaften.

Zeitgleich treffen Ash, Rocko und Misty beim Purity Canyon ein. Da der Purity Canyon schwer passierbar ist, versuchen unsere Freunde den Bus zu erwischen, der einmal pro Monat die Passagiere von der einen Seite auf die andere bringt. Doch da ein Unwetter aufzieht, fährt der Bus etwas eher los, so daß sie den Bus verpassen. Glücklicherweise nimmt Luna Carson unsere Freunde jedoch über Nacht bei sich auf, wo sie sich dann auch etwas kennenlernen und erfahren, daß man den Purity Canyon auch mit einem Kanu durchqueeren kann.

Der Bus fährt inzwischen durch den Sturm und wird dabei von der Strecke geblasen. Auf mysteriöser Weise wird er in der Luft aufgefangen und wieder sanft auf die Straße gesetzt, wo er dann weiterfahren kann. Dies war natürlich kein Zufall - es war Mewtu, der damit verhindern wollte, dass Rettungsteams und damit weitere Menschen in die Nähe seines Verstecks gelangen, welches sich auf einer Insel inmittes des Purity Canyon befindet.

Am nächsten Morgen machen sich unsere Freunde auf den Weg um den Purity Canyon mit dem Kanu zu überwinden. Vor allem Misty ist hiervon begeistert, da sie das Wasser so sehr liebt. Die Freude hält jedoch nur kurz, da es hier auch von Käfer-Pokemon wimmelt und Misty dann schnell wieder zurück will. Bei Lunas Haus angekommen überlegen sie, wie sie den Purity Canyon nun überqueren wollen. Es bleibt ja nur noch die Kletterei über den ziemlich steilen Berg Mount Quena, der übrigens der höchste Berg in der Johto-Region ist...

Doch bevor unsere Freunde aufbrechen können, klopfen zwei weitere Gäste an die Tür von Lunas Haus. Es sind Cullen Calix und Domino. Beide sind hier um Nachforschungen über die Wasserqualität des Sees auf Moutn Quena anzustellen. Luna kennt Cullen Calix, da er ein berühmter Forscher und Mediziner ist. Hier erfahren wir, dass auch Luna eine bekannte Forscherin ist und sich mit Pokemon in ihrer natürlichen Umgebung beschäftigt. Die Arbeit für die Busfirma macht sie nur nebenbei. Bleibt noch Domino, die für das Pokemon Institut arbeitet und Cullen begleitet. Doch als Luna über Cullens Ziele erfährt, dass er die Quelle des Wassers sucht, befürchtet sie, dass dies viele Menschen anlocken könnte, die dann die unberührte Natur hier zerstören.

Bevor das Gespräch jedoch fortgesetzt werden kann, taucht Team Rocket auf und schafft es sogar Pikachu mit Hilfe eines Stromabsorbierenden Lassos zu fangen. Domino macht hier eine interessante Bemerkung: "Diese Typen kenne ich gar nicht...". Kurz darauf verschwinden Team Rocket mit ihrem Heißluft-Ballon, der einen Düsenantrieb spendiert bekam.

Der aufkommende Sturm läßt Team Rockets Ballon herumwehen, doch für Ash ist es ohnehin klar, dass er seinen Freund Pikachu retten muss. Luna willigt ein, will unsere Freunde jedoch begleiten, da sie sich hier am besten auskennt. Auch Cullen und Domino kommen mit, da sie auch auf den Berg wollen.

Der Aufstieg dauert jedoch nicht lange, da werden alle von Team Rockets Ballon mitgerissen und direkt auf den Berg getrieben. Mewtu besänftigt zwar den Sturm, doch es ist zu spät - unsere Freunde haben die Insel bereits entdeckt - und vor allem Domino. Diese zeigt hier erneut ein merkwürdiges Verhalten, als sie mit einem High-Tech Fernglas auf der Insel nach etwas sucht. Als sie Mewtu findet, funkt sie dies an Giovanni, der sich erfreut zeigt und verkündet, dass nun die nächste Phase startet.

Dies ist auch ein Zeichen für Domino, die sich nun enttarnt und als Team Rocket Agentin Domino 009 alias Schwarze Tulpe offenbahrt. Kaum gesagt, schleudert sie eine messerscharfe schwarze Tulpe in Team Rockets Ballon und verschwindet dann mit einem kleinen Gleiter aus ihrem Rucksack in Richtung der gerade eintreffenden Team Rocket Kampfgruppe!

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