Zu Beginn des Films sehen wir (nach dem Intro) ein wildes Shaymin in seiner Landform wie es zu einem Teich geht um etwas zu trinken. Beim Teich bemerkt es dann ein Dialga sowie ein auftauchendes Giratina in der Urform. Das Giratina greift das Dialga an und saugt es auf Befehl eines gewissen Zero in die "Gegenwelt". Dabei fällt auch das Shaymin in diese Gegenwelt. Während Dialga und Giratina kämpfen, saugt Shaymin etwas von dem dunklen Nebel weg und setzt am Ende auch eine Attacke ein um wieder in die normale Welt zurückzukehren. Auch Dialga versucht in die normale Welt zu fliehen, was letztlich sogar gelingt. Dabei versiegelt Dialga auch das Portal (es lässt die Zeit in einer Endlosschleife um sich selbst laufen), so dass Giratina ihm nicht mehr folgen kann. All dies wird sowohl von Zero als auch einem Mann mit Forscherausrüstung beobachtet. Das Shaymin fällt zum Schluss in einen treibenden Fluss und wird mitgerissen. Hiernach folgt die Einblendung des Kinofilmtitels.

Nun sehen wir Ash, Lucia und Rocko am Rand einer Stadt gerade eine Pause machen. Während unsere Freunde ihre Pokemon zum Essen aus den Pokebällen holen, schleicht sich ein ziemlich verstaubtes Shaymin auf den Tisch und mampft unseren Freunden das Essen weg. Plinfa will dies verhindern, wird dabei aber versehentlich von Shaymin "angeknabbert". Als das Shaymin den Grill umwirft und dabei die Asche aufwirbelt, aktiviert sich wieder die Absaug-Fähigkeit von Shaymin und es saugt den Schmutz weg.

Während die Pokemon sauer auf den Essensdieb sind, kümmert sich Lucia liebevoll um das Shaymin und wäscht es bei einem Wasserbrunnen bis es sauber ist. In diesem Moment beginnen unsere Freunde mit dem Shaymin zu reden. Dies funktioniert, weil das Shaymin per Telepathie reden kann. Da es aber offenbar an Fieber leidet muss es schnell in ein Pokemon Center.

Im Pokemon Center erfahren wir von Schwester Joy (mit schicker roter Brille), dass Shaymin ein "Dankbarkeits-Pokemon" und offenbar sehr erschöpft ist. Als Shaymin wieder aufwacht ist es putzmunter, aber hungrig. Lucias Knursp schmeckt ihm aber nur mittelmäßig ^^ Als Ash sich und Pikachu vorstellt, pustet Shaymin eine Rauchwolke raus. Wir erfahren, dass Shaymin auf diese Weise normalerweise die Luft säubert. Das vorlaute Shaymin verlangt nun aber wieder zurück in den Blumengarten gebracht zu werden. Es will dort nämlich per "Blumenzucht" einen neuen Blumengarten anlegen. Zwar kann Shaymin Fliegen, doch bevorzugt es momentan die Reise mit unseren Freunden. Natürlich wurden alle mal wieder von Team Rocket beobachtet, die das Shaymin für ihren Boss klauen wollen. Nun ja - nichts neues, oder ^^

Kaum gestartet, bemerkt Shaymin die Anwesenheit "der anderen" (Giratina). Zu allem Unglück schnappt sich in diesem Moment auch noch Team Rocket das Shaymin. Als nun ein Tor zur Gegenwelt aufgeht, werden Ash, Lucia, Shaymin, Pikachu und Plinfa dort hineingezogen. Dort angekommen, greift Giratina in seiner Urform sofort an. Pikachu wehrt sich mit Donnerblitz und Plinfa mit Blubbstrahl, doch die Attacken scheinen wirkungslos.

Als nun der Forscher aus dem Anfang des Films mit seinem Schilterus auftaucht, bittet er alle aufzuhören, da man Giratina nur verärgert. Gemeinsam fliehen alle durch einen Nebengang in dem geringe Schwerkraft herscht (alle schweben etwas). In Sicherheit angekommen stellt sich der Mann als Newton Graceland vor. Er erklärt, dass die Gegenwelt eine Art Wechselwelt ist - das Gegenteil der echten Welt. Nur das Pokemon Giratina kann zwischen diesen beiden Welten reisen und in beiden leben. Shaymin will erneut in den Blumengarten zurück, woraufhin Newton unsere Freunde weiterführt.

Newton ist ein Forscher, der diese Gegenwelt seit nun fünf Jahren erforscht. Auf dem Weg entdecken unsere Freunde eine schwarze Wolke, die laut Newton das Ergebnis von Störungen zwischen den Welten ist. Man darf diese giftigen Wolken weder berühren noch einatmen. Das ganze Problem entstand weil die legendären Pokemon Dialga und Palkia Zeit und Raum durcheinanderwirbelten. Dies führte dazu, dass die Gegenwelt durch die schwarzen Wolken vergiftet wird. Ais diesem Grund wollte Giratina auch Dialga und Palkia in seine Welt holen um sich an ihnen zu rächen. Nur dank Shaymins Shocksamen wurde dies letztlich verhindert und Dialga konnte fliehen. Um alles noch zu verschlimmern ist nun Shaymin indirekt daran Schuld, dass Giratina seine Welt nicht mehr verlassen kann. Entsprechend sauer ist Giratina nun auch auf Shaymin

Kurz bevor alle das Portal in die normale Welt erreichen, taucht Giratina wieder auf. Nur dank Delegator kann Shaymin einer Attacke von Giratina ausweichen. Gemeinsam flüchten alle nun weiter Richtung Portal. Plinfa springt als erstes durch, gefolgt von Pikachu, Lucia, Shaymin und Ash. Newton bleibt zurück um die Gegenwelt weiter zu erforschen, warnt unsere Freunde aber vor Spiegeln, da Giratina durch diese in die echte Welt sehen kann. Jessie, James und Mauzi kommen übrigens zu spät zum Portal, so dass sie erst einmal in der alten Welt bleiben.

In einer kurzen Szene sehen wir Zero, der immer noch Dialga jagd und auch unsere Freunde bemerkt. Danach geht es mit unseren Freunden weiter. Das vorlaute Shaymin meint wieder alles alleine gemacht zu haben und will nun endlich zum Blumengarten. Doch da taucht Zero auf. Mit seiner Armee aus Magnezone und vielen Magnetilos verlangt er das Shaymin. Mit Spiegelsalve von Magnezone will er seiner Forderung Nachdruck verleihen. Unter dem Schutz von Plinfas Whirlpool flüchten unsere Freunde...

Mit dem gewagten Sprung in einen Zug gelingt letztlich die Flucht vor Magnezone, Magneton und Magnetilo. Im Zug füttert Lucia das Shaymin wieder mit einem Knursp, woraufhin Shaymin betont, dass es Lucia viel mehr mag als Ash, was diesen natürlich ärgert.

Im Zug beobachten alle wie einige Passagiere über die Blumenzucht der Shaymin reden. Die Passagiere haben sogar einen Gracidea Blumenstrauß dabei - ein Dankbarkeitsstrauß aus dem Blumenparadies von Shaymin. Als Shaymin daran schnuppert, verwandelt es sich in seine Zenitform (und ist noch frecher als sonst ^^). Die Passagiere sagen, dass dies bei allen Shaymin so ist. Bei der nächsten Haltestelle sollen unsere Freunde auf ein Schiff umsteigen, damit Shaymin zu seinen Freunden in das Blumenparadies gelangen kann. Natürlich freuen sich auch unsere Freunde auf den Blumengarten, doch leider tauchen nun Magnezone und die Magneton sowie Magnetilo auf.

Shaymin (mit Hilfe von Pikachu und Plinfa) wehrt sich aber kinderleicht gegen die Überzahl bis sich diese zurückzieht. Selbst das mächtige Magnezone kann mit vereinten Kräften vertrieben werden.

In der nächsten Szene fahren Ash, Lucia und Rocko mit Shaymin bereits auf dem Dampfer Richtung Blumenparadies. Dabei passieren alle mehrere Gletscher, von denen es hier mehrere gibt. Die Schifffahrt erweist sich als sehr erholsam. Shaymin gönnt sich einen schönen Ausflug, der auch Plinfa und Pikachu zum Fliegen animiert. Nun ja - bei Pikachu muss Staravia als Transportmittel herhalten. Als Shaymin auch Ash hochheben will, ist dieser leider zu schwer ;)

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