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Pokedex 3D ist eine Anwendung, die kostenlos im eShop erhältlich war. darin enthalten waren einige Informationen über die 156 Pokémon des Kalos-Dex, wie z.B. erlernbare Attacken und Entwicklungsbedingungen und Pokedex-Einträge sowie Gewicht und Größe, eben das, was für einen Pokedex üblich ist. Über die SpotPass-Funktion konnten so täglich neue Dex-Einträge gesammelt werden. Auch war es Möglich mittels QR-Code Fotos mit den 3D-Modellen der Pokémon zu schießen. Die Anwendung wurde eingestellt nachdem der Nachfolger Pokedex 3D Pro, der nun alle 649 Pokémon enthält, auf dem Markt kam.